O Conflito
Datam de 1706 as primeiras dissensões no arraial da Ponta do Morro, depois do Rio das Mortes, pela "morte injusta e tirânica que fez um paulista de um humilde forasteiro que vivia de uma pobre agência". Outro cronista diz por haver alguns índios carijós embriagados matado um português. Diogo de Vasconcelos, por sua vez, descreve: "Viajando por ali uns carijós para São Paulo, entraram a beber na venda de um novato reinol; rivalidade era tema assentado de todas as conversas; os carijós começam a falar de reinóis, defendidos pelo novato, pouco experiente, entre a bebiba, houve altercação, e no ardor da discussão, foi morto o português pelos carijós. Fugiram estes, e houve dois dias de batida para os descobrir - voltaram os do arraial, os moradores tinham-se reunido e determinado enviar ao Rio uma comissão de procuradores pedir a D. Fernando Martins Mascarenhas Lencastre compadecer-se da situação e lhes mandar autoridade para reprimir malfeitores e bandidos."
Em 1707, no Arraial Novo do Rio das Mortes, dois chefes importantes dos paulistas foram linchados pelos emboabas. Com medo de uma vingança, fugiram para a mata, ficando apenas um pequeno grupo na resistência. Os paulistas, apesar de terem motivos para agir, limitaram-se a enterrar seus chefes, e não enfrentaram os emboabas. Isso encorajou os emboabas que haviam fugido para a mata a voltar e a não mais se aterrorizarem com os paulistas.
Não se deve pensar, segundo os historiadores, que estava em jogo apenas o ouro: «Intervieram também criadores de gado e não apenas mineradores emigrados de São Vicente. Os criadores reagiram ao sistema de contratos com o objetivo de assegurar, com exclusividade, o fornecimento a açougues de animais para o abate e de arbitrar a venda da carne ao consumidor.
Em 1708, um choque inevitável aconteceu, e os dois lados voltaram a guerrear. Manuel de Borba Gato interveio, banindo Nunes Viana da região do Rio das Velhas, porém, sem sucesso. Várias tentativas de acordo foram feitas, todas infrutíferas. Os emboabas tomaram a iniciativa de desarmar todos os paulistas que encontravam, com o pensamento que estes preparavam um grande ataque contra eles. Houve pouca resistência, e ao fim de 1708 os emboabas já tinham o controle de duas das três áreas de mineração mais importantes. Os paulistas refugiaram-se na região de Rio das Mortes.
Os emboabas reuniram-se e proclamaram Nunes Viana governador da região mineradora, um afronta ao rei o único a ter a prerrogativa para a escolha. Em seguida, os emboabas encarregaram Bento do Amaral Coutinho da expulsão dos paulistas restantes. Os paulistas não opuseram resistência, e recuaram mais uma vez, desta vez para Parati e São Paulo.