O confronto terminou por volta de 1709, graças à intervenção do governador do Rio de Janeiro, Antônio de Albuquerque Coelho de Carvalho, que destituiu Nunes Viana e manteve a estrutura administrativa emboaba . Sem os privilégios desejados e sem forças para guerrear, os paulistas retiraram-se da região. Sua última tentativa de expedição punitiva contra os emboabas foi derrotada no Rio das Mortes. Muitos deles foram para o oeste, onde mais tarde descobriram novas jazidas de ouro, na região dos atuais estados do Mato Grosso do Sul, Mato Grosso e Goiás