A corrida pelo ouro atraiu para a região cerca de 50 mil pessoas "que fervilhavam à beira dos rios e caminhos, nos sertões distantes e inóspitos".
Os bandeirantes se denominaram com maiores direitos sobre o ouro das minas, seja por eles serem os descobridores do lugar, ou seja, pelo fato daquela região fazer parte da capitania de São Vicente, assim como pelas sucessivas rejeições da Coroa e reveses em Palmares e guerras de açu . Prova disso foi petição da Câmara de São Paulo, de 7 de Abril de 1700, que requereu que a outorga do território aurífero fosse exclusivamente pelas autoridades desta capitania. Teve papel no conflito o protetor de Manuel Nunes Viana, Pascoal da Silva Guimarães.
Enquanto isso, os colonos da Bahia e de Pernambuco estavam muito mais ligados aos portugueses que aos paulistas. Os nomes que trocaram entre si mostravam suas diferenças. Os da terra eram chamados de "nômades", ou "bandoleiros sem lei", apelidaram os estrangeiros de emboabas, incluindo os vindos de outras capitanias. Os baianos e pernambucanos e os outros considerados estrangeiros ficaram do lado dos portugueses.
Para os paulistas, aqueles que não participaram dos esforços na procura de ouro não deveriam ter os mesmos direitos na exploração. A tensão entre os paulistas (também chamados de vicentinos) e os demais exploradores crescia, motivada pelo aumento no fluxo populacional e pela insistência dos paulistas e emboabas de controlarem a região.
Apesar de se misturarem pelas regiões povoadas das minas, paulistas e emboabas não se uniam, ao contrário, se juntavam cada grupo com um representante. O ex-bandeirante Manuel de Borba Gato era o líder dos paulistas, enquanto os emboabas eram liderados por Manuel Nunes Viana, português que veio para Bahia jovem, e era conhecido por atos de coragem que o trouxeram para a região onde era proprietário de lucrativas minas.
Outra causa da guerra seria o alto preço dos mantimentos, inclusive pela limitada oferta em ocasião do aumento da demanda. Os comentários de Antonil em 1709 o provam e se tornou clássico o trecho em que relata "a abundância de mantimentos e de todo o usual que hoje há nas Minas e do pouco caso que se faz dos preços extraordinariamente altos»: um alqueire de farinha em São Paulo custava 640 rs, mas em Minas 43.000 rs! E assim por diante, uma libra de açúcar 120 réis em São Paulo e 1200 nas Minas, uma galinha de 160 para 4.000 rs, etc. Eliane Teixeira Lopes cita em sua obra um ensaio de Eduardo Frieiro, “Feijão, angu e couve” de 1966 que corrobora os acontecimentos. E J. Soares de Mello, em seu livro «Emboabas», de 1979, página 48, comenta: «Foi na época da fome como medida de prudência que Artur de Sá concedeu a Amaral Gurgel o estanco ou monopólio dos açougues. Não tardaram nada os abusos. O povo foi esmagado. E quando o monopólio chegou aos seus anos derradeiros e veladamente começaram as transações para o prorrogar, os paulistas se levantaram.»
Por carta, o Rei, para suprir a falta de gado, ordenara a D. Álvaro conceder a maior parte possível das terras entre o Rio de Janeiro e a serra dos Órgãos «com a obrigação de cada um dos donatários de pôr um curral de gado dentro de dois e até três anos no sitio que se lhes der, por se entender que com a fertilidade destas terras abundarão as capitanias em gado.» Mas nada era assim tão simples… Em 1702 o governador D. Álvaro da Silveira e Albuquerque fizera doação, aumentando o domínio de Muribeca, no Espírito Santo, propriedade do colégio dos jesuítas do Rio de Janeiro, fundado no século XVII em terras doadas pelo Conde de Castelo Melhor, e que em 1701 possuía apenas 1.630 cabeças de gado - enquanto isso suas fazendas no Rio e em Santa Cruz, Campos dos Goitacases e Campos Novos de São João em 1701 teriam 20 mil.
Foram baldadas, de 1702 a 1705, as providências do governador da Bahia, D. Rodrigo da Costa, para obstar a emigração que das províncias beira-mar se estava dando para as minas descobertas no atual Estado de Minas, principalmente vinda da Bahia, donde se transportavam muitas pessoas com seus escravos. D. Rodrigo estabeleceu diversos presídios no interior para apreensão de escravos que fossem conduzidos para as minas. O ouro foi a pedra iman, uma veemente atração: e formaram-se dois partidos, o dos paulistas e o dos emboabas. O historiador Diogo de Vasconcelos comenta: «paulistas e taubateanos teriam declarado talvez guerra pela posse de terrenos em Minas se não surgissem os forasteiros, inimigo comum que os amedrontou e uniu.» Do reino, vinha o exemplo - formado de senhorios e conselhos autônomos, fabricado aos poucos e aos pedaços, federação de distritos fundidos pela política e nacionalizados pela História. Quando no Brasil as capitanias passaram a ser incorporadas à Coroa, ao Governo direto do Reino, o fizeram na forma por que de antes existiam, não se tinha concebido a ideia abstrata e consolidaria da pátria: forasteiro, para a gente Paulista, ou quase inimigo, era o natural de outras províncias, porque entendiam pertencer-lhes domínio exclusivo das minas por eles descobertas e povoadas no sertão.»